Оплата авансовых платежей. Нужно ли оплачивать сумму к возмещению?

Да, верно. Если сумма аванса за 3 квартал получилась отрицательная, значит, у вас возникла переплата. Она будет учтена при расчете доплаты налога за год. Если и по итогу года остается отрицательная сумма, этот излишек зачтется в счет будущих платежей. Либо его можно вернуть, подав заявление в ИФНС (если нет задолженности по другим налогам и взносам).